OSX Mountain Lionで標記の現象が発生していました。
ディスプレイをつながないままVNCから接続すると、最描画処理が上手くいっていないのか、一度マウスオーバーさせた部分しか画面が更新されないというもの。
元々、VNCで使う事を想定してかさばらないMac Miniを選んだパターンだったので、これじゃあ本末転倒だよ…と困っていたのですが、時間が解決してくれました。
つまりは、本現象はMarvericksでは修正されているようで、OSアップデートで解決しました。
同じ現象で悩んでいて未アップデートの方は是非。でも自己責任ということでどうぞ。